La cittadina di Bevagna ha origini preromane: originariamente abitata dagli Umbri, subì in seguito influssi Etruschi.
Il nome deriva probabilmente da un gentilizio Etrusco, Mefana, divenuto poi Mevaniain in latino. Si hanno notizie di Bevagna già nel 308 a.C., quando lo storico latino Livio la cita come sede di una battaglia tra una lega Umbra e i Romani:
“Dicto paruit consul magnisque itineribus ad Mevaniam, ubi tum copiae Umbrorum erant, perrexit”.
Alcuni storici dubitano sulla reale esistenza di questa battaglia, tuttavia è certo che la città si alleò con Roma nel 295 e in seguito divenne municipio romano, nel 90 a.C.
La città era al tempo molto prospera: ne è testimonianza il fatto che ancora oggi è possibile ammirare le terme, decorate con splendidi affreschi, i resti del teatro, su cui sono state costruite case medievali, l’anfiteatro, all’esterno delle mura medievali, alcuni cippi e iscrizioni latine, una domus, vari reperti murari, parte di un tempio, che venne trasformato in una chiesa.
La prosperità della città era dovuto alla navigabilità dei fiumi, come il Topino e il Timia, e al passaggio della Via Flaminia; in particolare vi passano il ramo orientale, da Ocriculum (Otricoli), a Carsulae, a Massa Martana, che poi andava a ricongiungersi con l’altro ramo che passava per Spoleto. Questo secondo tratto col tempo divenne quello preferito, mentre l’altro cadde in disuso, probabilmente a causa della difficoltà nella sua manutenzione. Dopo la caduta dell’Impero Romano, la città divenne gastaldato del Ducato di Spoleto.
In seguito alla diffusione del Cristianesimo, la città ebbe anche un suo martire, San Vincenzo, patrono della città.
La città subì gravi danno in vari periodi storici: venne distrutta da Federico Barbarossa intorno al 1152, dal Conte d’Angiò e dai Trinci, verso il dominio dei quali si era ribellata. Probabilmente in uno di questi passaggi vennero distrutte le mura romane descritte da Plinio il Vecchio, che, insieme alle mura di Arezzo, sono tra i pochi esempi di mura costruite in mattoni crudi. Rimangono esempi di opus reticolatum nella parte nord della cittadina. Dopo il passaggio allo Stato della Chiesa, divenne un libero comune retto da consoli; in seguito passò sotto il dominio dei Trinci di Foligno, per poi tornare definitivamente sotto il diretto controllo della Chiesa, fino all’Unità d’Italia.